4月13日，国务院总理李克强主持召开国务院常务会议，听取山东济南非法经营疫苗系列案件调查处理情况汇报。
李克强会上表示：“山东济南非法经营疫苗系列案件性质恶劣，教训极其深刻。人民群众的生命健康重于泰山，必须本着对人民、对国家高度负责的态度，严肃彻查处理，绝不姑息！疫苗质量安全事关人民群众尤其是少年儿童生命健康，是不可触碰的‘红线’。”
会议决定，先行对一批责任人实施问责；通过《国务院关于修改〈疫苗流通和预防接种管理条例〉的决定》，强化制度监管。
本次会上李克强从四个方面严厉强调，要在依法严厉打击违法犯罪行为，对相关失职渎职行为严肃问责的同时，进一步完善药品监管体制和疫苗管理长效机制，切实保障人民群众生命健康。
总理说：依法 “铁腕”打击犯罪行为，对相关失职渎职行为严肃问责、绝不姑息！
李克强明确要求，要继续彻查案情，对每条线索都要建立台账一查到底，对重点案件挂牌督办，注意查清涉案人员、犯罪事实和疫苗流向。“世界卫生组织经过科学论证认为，不正确储存或过期的疫苗几乎不会引起毒性反应，因此本事件的疫苗安全风险非常低。但相关部门必须要确立这样一种意识：‘风险低’不等于‘完全没有风险’。”总理说，“必须依法‘铁腕’打击犯罪行为，对相关失职渎职行为严肃问责、绝不姑息！”
总理说：关键要完善事中事后监管，建立疫苗管理的长效机制！
李克强表示，疫苗系列案件是严重的违法犯罪行为，同时也暴露出监管方面存在的诸多制度漏洞。
“不符合运输规范的疫苗，怎么能流向这么多地方，而且持续了这么长时间？”总理语气严厉地说，“这里面有违法犯罪行为，需要严肃处理；同时也反映出一些干部责任心缺失、‘不作为’等问题。”“要依法严肃问责在疫苗生产，特别是流通、接种等环节监管不力的职能部门责任人员，以及违法经营疫苗问题突出的地方政府领导。”总理说，“疫苗系列案件再次证明，光靠‘审批’是管不住的，关键要完善事中事后监管，建立疫苗管理的长效机制。”
总理说：老百姓会用脚投票，去购买自己信得过的产品！
李克强强调，疫苗案不仅关系到人民健康，也事关政府公信力和国人对“中国制造”的信心。
“前些年‘三聚氰胺’事件对整个奶粉行业造成的冲击至今仍有影响。我们决不能让类似事件再次发生。”总理说。
李克强语重心长告诫与会者：“如果我们迟迟不能把‘中国制造’打造成金字招牌，老百姓就会用脚投票，去购买自己信得过的产品！”
他要求有关部门要尽快拿出提升消费品质量的对策方案，让“中国制造”升级为“中国质造”，提振消费者信心。
总理说：转变思路，及时主动回应社会关切！
一位部门负责人发言中称，目前调查工作仍在进行当中，向公众做出完整回应还比较困难。李克强当即表示，要转变思路，及时主动回应社会关切。“如果是谣言，那就要马上调查、及时澄清；如果问题比较复杂，一时无法做出结论，那也要向公众表明，政府已经发现问题，正在迅速处理，并将尽早公布调查结果。”总理说。
最后，李克强再次强调，现代政府一个很重要的特征，就是要及时回应社会关切。
国务院本次常务会议就如何完善制度监管方面决定：
要立足标本兼治、强化制度监管，会议通过了《国务院关于修改〈疫苗流通和预防接种管理条例〉的决定》。
一、严格疫苗流通管理，将自愿接种的第二类疫苗比照国家免疫规划用的第一类疫苗，全部纳入省级公共资源交易平台集中采购，不再允许药品批发企业经营疫苗，坚决制止通过借用资质和票据进行非法经营的“挂靠走票”等行为。
二、建立疫苗从生产到使用的全程追溯制度，强化储存、运输冷链要求，增设疾控机构、接种单位在接收环节索要温度监测记录的义务。
三、加大处罚及问责力度，对非法购销、未按规定储运疫苗等违法行为提高罚款金额，增设对责任人员的禁业处罚，并严格属地监管职责，增加地方政府及监管部门主要负责人引咎辞职的规定。《决定》还完善了预防接种异常反应补偿制度等内容。