最近几天，王先生一直奔波于上海物流协会和地方税务局之间，希望了解到更多增值税制度改革试点的有关细节。 前几天，国务院常务会议作出了进行增值税制度改革试点的决定，逐步将目前征收营业税的行业改为征收增值税，而上海市交通运输业和部分现代服务业将从2012年1月1日起先行进行试点。
这一改革直接关系到企业税收成本的增减，而作为上海一家大型公路运输企业财务总监的王先生，自然更要关注税改的一举一动，并且也希望在税改细则出台之前提出企业的一些建议。
重复征税之扰
此前，国内的公路运输和仓储等物流企业，并不需要交纳增值税，而是根据业务的不同交纳不同税率的营业税，其中，运输、装卸、搬运的营业税税率为3%，仓储、配送、代理等的营业税税率为5%。
由于物流行业业务涉及运输的各个环节，规模越大的物流企业所涉及的各省市区域就越多，它们往往在各地成立子公司或者分支机构，或者将业务分包给当地的公司，因此在现行的税收体制下还会面临一些“重复征税”的烦恼。
比如一票货从北京发往南宁，并不是直接由北京的子公司一运到底，而是可能先在杭州等地中转分拨，再由杭州当地的公司进行运输，这中间就涉及到北京子公司和杭州公司之间的结算，而两家公司又都是独立的法人，也就都需要为这票货物的运输所得向各自的所在地政府交税，而实际上，北京子公司所交的税中，已经包含了运输到南宁的收入所得，杭州公司却还要为从杭州到南宁的运费交税。
事实上，税收问题一直是压在国内物流企业身上的重担。据《第一财经日报(微博)》了解，自2009年国务院通过物流业振兴规划以来，很多物流企业就一直在呼吁，应该在税收等方面作出一些政策调整。
而此次国务院要求将征收营业税逐渐过渡到征收增值税，也正是为了解决重复征税的问题。因为实行增值税以后，企业可以通过抵扣购买原材料产生的成本进项税款来减少赋税，而不像以前按照所有的营业收入为基数统一缴纳营业税。这样一来，如果上述杭州公司给北京子公司开出后者支付运费的发票，北京子公司就可将此发票用于抵扣，这对于拥有全国网络运营的公司来说可能会减少一部分缴税基数。
不降反增之忧
然而，并不是所有企业都会因此受益。根据通知，在现行增值税17%标准税率和13%低税率基础上，将新增11%和6%两档低税率，而这与现行的3%和5%的营业税率相比，依然高出不少。
中国物流与采购联合会(下称“中物联”)的一位内部人士就对记者透露，根据初步沟通了解到的情况，交通运输企业将按照11%的税率来征收增值税的可能性较大，这一税率远远高于中物联此前为物流企业减负而建议的4%左右的税率。
平安证券(微博)的一份最新研报中就测算，如果按照11%的税率来征收增值税，运输类企业需要抵扣的成本必须占营业收入73%以上，仓储类企业要抵扣的成本必须占营业收入的55%以上，否则对企业来说实际上是增加税负而不是减少税负。
对于很多物流企业来说，要实现这样的抵扣目标难度还很大。比如一些仓储类企业或者只在一地进行业务运营的企业，除了燃油或者设备的购置等成本和费用能够抵扣外，其他能够抵扣的成本并不多。
而王先生所在的公路运输企业，原本也受到重复征税的困扰，但最近几年已经成为国家发改委联合国(微博)税总局进行的营业税差额纳税试点企业，缴纳营业税之前已经可以抵扣在加盟和转包环节产生的运输费用。
因此，此次营业税改为增值税后，像王先生所在的企业，反而相当于进一步提高了税率。“根据我们的测算，如果按照6%征税，一年要多交税1000多万元，如果按照11%征税，一年要多缴税3000多万元。”王先生说，而今年公司的利润原本预计能达到5000万元就不错了。
据记者了解，像上述已经进入营业税差额纳税试点的物流企业目前有593家，而且大多是规模较大的公路运输或仓储企业。这些企业期待税改细则能够进一步明确物流企业到底哪些费用可以进行抵扣，并建议用作抵扣的费用能够包括办公费、管理费用等，否则企业税赋成本可能会进一步增加。
而一家快递企业的高层更是对记者透露，目前在加盟和转包环节产生的运输费用，很多不够正规的小企业或者个体户根本没有发票，只能开白条，一旦改为缴纳增值税，这类费用也无法用于抵扣。