“营改增”之后能否抵扣顺畅，最直接的决定因素就是发票制度，而发票制度的设定及实际运行中的不便，则是物流运输企业实际税负增加的显著因素。下游企业对增值税发票需求增多，而上游获取的渠道较少是个突出问题，也增加了企业的风险控制难度。此外，不同税率发票的抵扣差额所产生的损失和部分抵扣项目有限制也造成了困惑。不过专家指出，企业不能总将问题归咎于税改，外在经济环境和企业自身的管理也是影响税负的因素。
上下游发票差额压力大
“比之前营业税的时候头痛一些。营业税时税点低，由于不能抵扣，客户不在意是否索要发票。而现在改成增值税，索要发票的人明显增多，过去五成人索要发票，而现在则达到了八九成以上，而从上游企业获取的抵扣票有限。”浙江省绍兴市一位不愿署名的物流运输企业主告诉本报记者。
这导致了什么结果呢？
“比征营业税的时候税负肯定高了，而且企业规模越大，受影响越大。从整个物流业来看，相对于航空、水运、铁路来说，跟公路联系较密切的门类利润是最低的。像航空燃油成本占比很高，抵扣相对有保障。”上述业主表示。
“‘营改增’虽然可以抵扣，但是税率提高了，口子开大了，风险控制方面会吃力一点。客户很在意报价，希望便宜点，但由于税率由6个点到11个点，出于风险控制我们可能会提高报价。有关部门规定，企业根据自身规模每个月只能拿相应数量的发票，这样小客户就不便开增值税发票了，会影响客源。”上海文力物流公司黎经理向本报记者表明了税点高和销项票高于进项票所产生的风险控制压力。
“大量运输公司为小规模纳税人，对仓储物流企业开3%的票，而后者若为一般纳税人需向下游企业开11%的票，有很大的抵扣差。作为侧重物流的企业，拿的运输发票不少是按小规模纳税人的发票给开的，抵扣差价很大。跟之前采用营业税相比，税负在增高。”苏州越海物流公司负责人杨小姐向本报记者表达了税率不统一带来抵扣差额的困惑。
“小规模纳税人不能使用专用发票较为普遍，难以贯彻改革的最终意图。适用3%征收率的做法削弱了增值税，尤其是专用发票制度的优越性。”西南财经大学财政税务学院教授付志宇对本报记者如此评价有关现象。
不过，有专家认为，外在经济环境也会成为感觉上负担增高的原因。中央财经大学财政税收研究所所长曾康华向本报记者表示，价格因素可以将税基提高，流转环节增加也能导致税负增加。整个物流业规模增加，特别是电子商务发展很快，销售势头很猛。从而整个物流业规模扩大，价格竞争异常激烈，削弱了企业利润，容易对税负格外敏感。
在日前举办的首届中国网络购物年会上，中铁快运集团企业管理部部长尚尔斌透露出一个数据：在快速增长的巨大业务量背后，物流行业平均利润率仅有5%。
发票限量的烦恼
发票限额控制是税控系统的重要组成部分，一是发票数量的控制，二是发票开票额度的控制。
根据《增值税专用发票使用规定》的相关要求，最高开票限额由一般纳税人申请，税务机关依法审批。最高开票限额为十万元及以下的，由区县级税务机关审批、核查；最高开票限额为一百万元的，由地市级税务机关审批、核查；最高开票限额为一千万元及以上的，由省级税务机关审批，地级市税务机关负责实地核查，资料报省级税务机关审核。防伪税控系统的具体发行工作由区县级税务机关负责。
据上海市浦东区税务局《浦东新区税务局2014年10月行政许可增值税防伪税控系统最高开票限额许可(2.0)》提供的企业名单显示，共有上海永达英菲尼迪汽车销售服务有限公司等291家企业纳入此次税控许可范围。
绍兴一位物流业主告诉本报记者：“按11个点来开发票，但发票的数量是有限额的，不能超量，对一些有意向的业务无法开票。”本报记者在江苏省也了解到类似情况。
“另外，油票虽然可以抵扣，但税务部门会进行上限限制，不能超过规定的量，不能让企业无限额地开油票。”浙江省一位物流、运输兼营的一般纳税人业主向本报记者表示，有些本该是一般纳税人的物流运输企业，为了降低税负将自己拆分为几家小企业享受小额纳税人待遇，这并非明智，不是长久之计。